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本所課程具多樣性,學生可依其組別選修課程。應用數學組課程包含數學建模、科學計算、與應用分析三項主要領域。必修課程針對此三項主軸,提供入門與基礎訓練,具備基礎能力後,學生可就本身興趣,繼續選修其他進階專業課程,逐步培養研究能力。數理統計組課程規劃包含基礎數學分析、理論核心、模型三大課程主軸。本所碩士班修業年限為一至四年,應修畢24個學分,外加碩士論文。

碩士班必修課程:

一、應用數學組:

A. 入門課程:(以下三類科目中,各類均必修)
   1.數學建模部分:數學建模
   2.應用分析部分:應用分析、實分析一(二擇一)
   3.科學計算部分:數值線性代數

B. 基礎課程:(以下三類科目中,任選兩類各至少選修3學分)
   1.數學建模部分:數學物理方程一、影像處理
   2.應用分析部分:應用數學方法、偏微分方程一(二擇一)
   3.科學計算部分:數值偏微分方程、科學計算導論

二、數理統計組:

   A. 理論核心課程:高等統計推論I II
   B. 模型課程:迴歸分析、多變量統計分析
   C. 分析課程:機率論I、機率論II、隨機微積分、隨機過程、實分析I(五擇一)